Llegamos al final del capítulo 6º -a falta de dos versículos-, y con ella termina la incursión del ciclo B (cuyo evangelista de referencia es san Marcos) en el evangelio de san Juan. La liturgia se salta un versículo respecto al evangelio del domingo pasado, el 59: "Esto lo dijo Jesús en la sinagoga, cuando enseñaba en Cafarnaún".
La tensión que Jesús ha mantenido con "los judíos" en los domingos anteriores, estalla en los discípulos de Jesús que se escandalizan de Jesús: «Este modo de hablar es duro, ¿quién puede hacerle caso?» (v. 61).
Jesús responde a sus críticas afirmando: "Las palabras que os he dicho son espíritu y vida". (v. 63)
Ante la firmeza de Jesús, se produce la gran crisis en su discipulado: "Desde entonces, muchos discípulos suyos se echaron atrás y no volvieron a ir con él." (v. 66)
Jesús pregunta a sus discípulos más cercano, a los Doce, sobre su postura: «¿También vosotros queréis marcharos?» (v. 67)
El portavoz de los Doce, Pedro, le responde confirmando lo que Jesús acaba de decir sobre sus palabras: «Señor, Tú tienes palabras de vida eterna» (v, 68), a la que añade una confesión de fe: «nosotros creemos y sabemos que tú eres el Santo de Dios» (v. 69). Es la única vez que la expresión "Santo de Dios" aparece en este evangelio e indica que Jesús es alguien que pertenece a lo divino.
Jesús desvela porqué algunos creen en Él, como los Doce, y otros no, como los judíos y los "muchos discípulos" que no siguen con Él: "Sus palabras son espíritu", y para aceptar su Palabra se necesita el Espíritu: "El Espíritu es quien da vida; la carne no sirve para
nada" (v, 63); los que no creen no se guían por el Espíritu, sino por su propia comprensión humana ("la carne") y, por tanto, no pueden creer. Ya en el capítulo 3º, Jesús dijo a Nicodemo: «El que no nazca de agua y de Espíritu no puede entrar en el reino de Dios. Lo que nace de la carne es carne, lo que nace del Espíritu es espíritu» (vv. 6-7).
