Este es un relato complejo, con muchas imágenes bíblicas, que responde a las dudas de la comunidad de san Mateo sobre la presencia de Dios debido a las dificultades que están experimentando (no hay que confundir la escena de hoy con una situación similar en el lago, donde Jesús está dentro de la barca dormido y la barca está a punto de hundirse.. En el evangelio, las dificultades están simbolizadas en el viento en contra que tienen los discípulos para remar (viento que no siente Jesús en el monte donde está orando), así como la oscuridad que les rodea al ser de noche, oscuridad que sienten los discípulos en su interior y les hace dudar, y también las olas de las aguas, que en la Biblia representa el caos, el mal que les afecta.
San Mateo sigue el relato original de san Marcos 6,45-52. Pero introduce dos novedades importantes: el diálogo entre Jesús y Pedro respecto a andar sobre las aguas, que es exclusivo de este evangelista -él suele resaltar la figura de san Pedro-, y un final modificado, donde Jesús es reconocido como Hijo de Dios por los discípulos, mientras san Marcos solo dice que "ellos estaban en el colmo del estupor".
Cuando Jesús se acerca a ellos andando sobre las aguas, algo que solo hace Dios en la Biblia, mostrándose así como Dios, ya es la madrugada, fin de la oscuridad y comienzo de la claridad, tanto exterior como la interior de los discípulos. Jesús les infunde valor y les dice "Yo soy", que hace referencia a la identidad de Dios manifestada en el Antiguo Testamento. Su entrada en la barca hace que el viento, la dificultad, amaine, lo que hace que los discípulos adoren a Jesús mientras confiesan: «Realmente eres Hijo de Dios», que hasta ahora solo lo ha dicho la voz que se oyó en su bautismo.
Cuando Jesús llega andando sobre las aguas, los discípulos gritan asustados porque creen ver un fantasma, siendo extraño que no le reconozcan porque han estado con Él hace solo unas horas y el aspecto de Jesús no ha cambiado; pero sí habitual en los relatos de las apariciones del Resucitado, donde tampoco le reconocen y a veces también creen que es un fantasma. Eso indica que san Mateo está hablando de la presencia del Resucitado en la Iglesia, representada por la barca de los discípulos.
El encuentro entre Jesús y san Pedro representa las dudas de todo creyente cuando afronta dificultades que le superan, que lo convierte en "hombre de poca fe", como llama a Pedro, y en la que es afrontado a sus vacilaciones: "¿Por qué has dudado?". Pedro, en su falta de fe, cree ver un fantasma con la vista, pero con su oído sí oye la voz del Señor y hace lo que le dice, lo que le capacita para andar sobre las aguas como Él, algo que nunca había hecho un ser humano en la Biblia. De nuevo, cuando deja de escuchar la Palabra y se centra en su visión, vuelve a tener miedo al ver la fuerza del viento, la fuerza de la dificultad, y empieza a hundirse. Pero el Señor sigue estando ahí, y ante su súplica de salvación, lo libra de las aguas (algo extraño porque san Pedro, que es pescador, sabe nadar, lo cual indica el sentido simbólico del relato).
El relato es una invitación a la confianza en la presencia del Señor en medio de las dificultades, aún cuando no se le perciba: «¡Ánimo, soy yo, no tengáis miedo!»
